Très attendue par les professionnels, la réforme du contrôle unique avait été amorcée par une circulaire du 4 novembre 2024. Celle-ci prévoyait déjà qu'une exploitation agricole ne puisse pas faire l'objet de plus d'un contrôle sur place par an, sauf cas particuliers. Depuis 2025, ce principe s'est traduit par la création, dans chaque département, des Missions interservices de l'agriculture (MISA), présidées par le préfet. Leur rôle : organiser la programmation des inspections, éviter les doublons entre administrations et fluidifier les interventions.
Le nouveau décret vient désormais consolider ce dispositif sur le plan réglementaire. Il précise notamment la composition des MISA, renforce le pilotage assuré par les Directions départementales des territoires (DDT) et sécurise juridiquement le partage des informations nécessaires à la coordination des contrôles.
ConcoordEA, le nouvel outil numérique national
En parallèle de ce socle réglementaire, le ministère déploie un nouvel outil informatique baptisé ConcoordEA, développé avec les administrations concernées et confié à l'Agence de services et de paiement. Il doit devenir la plateforme centrale de gestion des contrôles agricoles. Il permettra : une meilleure planification des inspections, un suivi partagé entre services, une coordination renforcée entre administrations, davantage de lisibilité pour les exploitants.
Son déploiement national est annoncé dans les prochaines semaines.
Un signal politique adressé au monde agricole
Avec cette réforme, l'exécutif cherche à répondre à une demande forte du terrain : réduire la multiplication des démarches administratives et rendre les contrôles plus cohérents. Dans un contexte où la simplification administrative reste l'un des principaux sujets de tension entre pouvoirs publics et agriculteurs, ce décret constitue un nouveau marqueur politique pour le ministère. Selon Annie Genevard, ministre de l'agriculture, de l'agro-alimentaire et de la souveraineté alimentaire : "le contrôle unique en place depuis novembre 2024 se voit encore renforcé juridiquement et opérationnellement. Les services de contrôles disposeront désormais, sous l'autorité des Préfets, d'un levier puissant pour faciliter et systématiser le contrôle unique dans les exploitations agricoles, en renforçant la cohérence des contrôles, en améliorant leur efficacité opérationnelle et en garantissant une meilleure transparence ".