« Nous étions équipés au niveau du laboratoire d’une plateforme de séquençage d’ADN à haut débit (NGS) mais ce n’était pas un sujet prioritaire jusqu’à ce que nos clients manifestent un intérêt croissant pour un outil de quantification et de qualification du microbiote intestinal (porcs, volailles) », explique le Dr. Pierre-Yves Moalic, directeur scientifique du laboratoire d’analyses vétérinaires Labofarm (groupe Finalab). « Mais il y avait un certain nombre de verrous techniques à faire sauter, notamment sur la manière de réaliser des prélèvements en élevage permettant de garantir la validité des résultats et pouvoir proposer une offre commerciale à nos clients », poursuit-il.
Voilà comment Labofarm en est venu à se rapprocher de Zoopole développement afin de l’aider à avancer sur le sujet. Cette association comporte en effet :
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un pôle innovation spécialisé dans l’accompagnement et le conseil en innovation, particulièrement féru dans le domaine des biostatistiques et de la bioinformatique ;
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un pôle expertise (CTPA) spécialisé dans l’élaboration de protocoles, la réalisation d’analyses statistiques et la valorisation des données ;
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un pôle formation (Ispaïa) orienté sur les domaines des productions animales et de l’agroalimentaire.
Ces trois pôles ont tour à tour été activés dans le cadre de la collaboration entre Labofarm et Zoopole développement. Afin de mettre en évidence la diversité du microbiote et d’obtenir des résultats exploitables et représentatifs, le CTPA est parti sur la base d’une dizaine d’animaux par élevage et 6 élevages par espèce (soit un total de 60 porcs et 60 poulets). « Il a fallu trouver un compromis entre variabilité des élevages et variabilité des individus. Le but, ici, n’était pas de montrer des différences, mais de caractériser la variabilité intrinsèque du microbiote intestinal chez le poulet de chair et le porc en post-sevrage, puis dans un second temps de déterminer le nombre de prélèvements à réaliser lors d’analyse de microbiote », explique Eve Couëron. Pour ce second objectif, elle évoque un minimum de 16 individus par groupe pour mettre en évidence une différence d’un écart-type entre deux groupes.
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